Corpus Christi ist die Geschichte des 20-jährigen Daniel, der, während seines Aufenthalts in einem Jugendgefängnis, eine spirituelle Transformation erlebt. Er möchte Priester werden. Dies ist jedoch aufgrund seiner Vorstrafen unmöglich. Als er zur Arbeit in eine kleinen Stadt, geschickt wird, verkleidet er sich bei seiner Ankunft als Priester und übernimmt versehentlich die örtliche Gemeinde. Durch die Ankunft des jungen, charismatischen Predigers verändert sich die Gemeinde zum positiven.