Zusammenfassung
Im Jahr 2035 hat eine Virus-Pandemie, die in den Jahren 1996 und 1997 ihren Ursprung nahm, über fünf Milliarden Menschenleben gefordert. Weniger als ein Prozent der Menschheit hat diesen katastrophalen Vorfall überstanden. Die Überlebenden haben sich in unterirdische Zufluchten zurückgezogen, wo sie unter extremen Bedingungen leben und von der Außenwelt abgeschnitten sind. Wissenschaftler versuchen, durch Einsätze von „Freiwilligen“ mehr über das Virus herauszufinden.
James Cole ist einer dieser Freiwilligen, der als gefährlicher Verbrecher gilt und inhaftiert ist. Nachdem er es geschafft hat, unversehrt Proben von der Erdoberfläche zu sichern, wird ihm eine Straferlass angeboten, wenn er ins Jahr 1996 reist, um das ursprüngliche Virus und dessen Urheber zu finden. Coles Persönlichkeit wird ebenfalls durch seine Kindheitserinnerungen geprägt, in denen er Träume von einem bewaffneten Vorfall in einem Flughafengebäude hat.
Während seiner Mission gerät Cole durch einen Fehler der Wissenschaftler zunächst ins Jahr 1990. Dort wird er infolge seiner Erklärungen hinsichtlich seiner Herkunft und der bevorstehenden Pandemie prompt für psychisch krank erklärt und in eine psychiatrische Einrichtung eingewiesen, wo man ihn mit Psychopharmaka behandelt, was seine Gedankenunklarheit verstärkt. In der Anstalt trifft er auf Jeffrey Goines, der tatsächlich an einer psychischen Erkrankung leidet.
Um seinen Auftraggebern im Jahr 2035 eine Nachricht zu hinterlassen, beantragt er einen Anruf, der schließlich auch genehmigt wird. Allerdings stellt sich die von ihm genannte Telefonnummer als ungültig heraus. Wegen einer Verwechslung wird Cole dennoch ins Jahr 2035 zurückgeholt, wo er die Wissenschaftler davon überzeugt, dass er nicht für den Fehler verantwortlich ist, und eine weitere Reise ins Jahr 1996 erhält.
Bei seiner zweiten Zeitreise führt ein weiterer Fehler der Wissenschaftler dazu, dass er mitten im Ersten Weltkrieg landet und sich eine Beinverwundung durch eine Kugel zuzieht. Schließlich findet er sich ohne lange Rückkehr ins Jahr 2035 direkt im Jahr 1996 wieder.
Dort entführt er Dr. Kathryn Railly, die ihn bereits 1990 behandelt hat und ihn für geistig gestört hält. Die Ärztin entfernt die Kugel, die noch in seinem Bein steckt. Trotz ihrer Bemühungen kann Cole sie allerdings nicht überzeugen, dass die von ihm vorhergesagte Viruskatastrophe eintreten wird. Der psychische Druck veranlasst ihn selbst, an seiner Botschaft zu zweifeln.
Während der Entführung von Dr. Railly werden in den Medien Berichte über einen vermissten Jungen ausgestrahlt. Cole äußert, dass ihm dieser Vorfall aus seiner Kindheit bekannt sei, als er zum ersten Mal Angst verspürte, weil der Junge sich nur aus Spaß versteckt hatte.
Cole lässt sich von Dr. Railly zu Jeffrey Goines fahren, der inzwischen nicht mehr in Behandlung ist. Er entdeckt, dass Goines eine Schlüsselperson innerhalb der Gruppe „Armee der 12 Monkeys“ ist. Nach vorherigen Hinweisen, die er bereits 2035 erhalten hatte, ist Cole überzeugt, dass diese Gruppe für die Virus-Pandemie verantwortlich ist, da Goines’ Vater eine bekannte virologische Forschungseinrichtung leitet. Cole befürchtet zudem, dass er Jeffrey Goines bereits in seiner Kindheit auf die Idee gebracht haben könnte, die Menschheit auszulöschen.
Zusätzlich sucht Cole Goines’ Vater auf, um das Originalvirus zu erhalten, doch sein Versuch scheitert. Nach dieser gescheiterten Begegnung wird Cole gegen seinen Willen erneut ins Jahr 2035 zurückgebracht.
In der Gegenwart überzeugt Cole sich selbst von seiner psychischen Erkrankung und nimmt die Wissenschaftler nicht mehr ernst. Dennoch gelingt es ihm, sie zu überzeugen, ihn erneut ins Jahr 1996 zu schicken, indem er vorgibt, das Virus zurückzubringen. In Wahrheit möchte er jedoch nur aus dem bedrückenden Leben im Jahr 2035 entfliehen, um sich bei Dr. Railly seiner Erkrankung anzunehmen.
Dr. Railly hat unterdessen die Kugel aus Coles Bein analysieren lassen und festgestellt, dass sie tatsächlich aus dem Ersten Weltkrieg stammt. Außerdem findet sie ein Bild von Cole in einem Lehrbuch über psychische Erkrankungen an der Front. Als sie in den Nachrichten von dem vermissten Jungen hört, dessen Geschichte sich als wahr erweist, gewinnt sie Vertrauen in Coles Erzählungen. Bei seiner Rückkehr ins Jahr 1996 plant Cole, sich freiwillig verhaften zu lassen, um seine vermeintliche Geisteskrankheit behandeln zu lassen. Dr. Railly versucht, ihn davon abzuhalten, indem sie ihm versichert, dass seine Geschichte trotz des Unglaubens anderer der Wahrheit entspricht.
Cole ist in einem inneren Konflikt, entscheidet sich jedoch letztendlich, nicht ins Jahr 2035 zurückzukehren. Ein Obdachloser hat ihm verraten, dass auch er zurückgeschickt wurde und seine Zähne mit Peilgeräten versehen sind, woraufhin Cole seine Backenzähne selbst entfernt.
Gemeinsam versuchen Cole und Dr. Railly, die Gruppe 12 Monkeys aufzuhalten. Unsicher, was die Realität ist, ruft Dr. Railly die Voicemail-Nummer an, erreicht jedoch nur den Anrufbeantworter einer Teppichreinigungsfirma. In der Annahme, dass seine Geschichte also nicht wahr sein kann, spricht sie scherzhaft über die 12 Monkeys. Ironischerweise werden ihre Worte auf dieselbe Voicemail zurück ins Jahr 2035 geschickt, wo sie Cole einst vorgespielt wurden. Als Cole nun in der Lage ist, Dr. Railly den genauen Wortlaut der Nachricht zu wiederholen, wird dies zum endgültigen Beweis, dass seine Erzählung seiner Zeitreise wahr ist und die bevorstehende Pandemie real werden wird.