In einem von Kaijūs bevölkerten Japan arbeitet Hibino Kafka bei Monster Sweeper, einer Firma, die Kaijūs entsorgt. Nachdem er seine Jugendfreundin Ashiro Mina, einem aufstrebenden Stern im Anti-Kaijū-Verteidigungskorps, wiedersieht, beschließt er, seinen aufgegebenen Traum zu verwirklichen und dem Korps beizutreten ... Doch in diesem Augenblick verwandelt er sich in das mächtige Kaijū Nr. 8. Mit Hilfe seines jüngeren Kollegen Ichikawa Reno verbirgt Kafka seine geheime Identität, während er seinem Lebenstraum nachgeht, die Prüfung des Verteidigungskorps zu bestehen und an Minas Seite zu stehen. Doch als ein mysteriöses intelligentes Kaijū einen Stützpunkt des Verteidigungskorps angreift, steht Kafka in einer verzweifelten Situation vor einer wichtigen Entscheidung...