Im Leben der jungen Friseurin Frankie Paige (Patricia Arquette) spielt die Kirche keine große Rolle. Das ändert sich jedoch schlagartig, als sich eines Tages aus dem Nichts tiefe, schmerzhafte Wunden – Stigmata – an ihren Handgelenken bilden. Pater Kiernan (Gabriel Byrne), ein Priester mit Hang zur Wissenschaft, soll den Vorfall im Auftrag des Vatikans untersuchen. Als er bei seinen Nachforschungen auf eine uralte und hochbrisante Botschaft hinter den Wundmalen stößt, tritt der zwielichtige Kardinal Houseman auf den Plan, der nicht nur die Macht der katholischen Kirche bedroht sieht.