Die Menschheit befindet sich im Krieg mit Wesen aus einer anderen Dimension. Um gegen die Angreifer bestehen zu können, werden auf der "Genetics" Militärakademie "Pandora"-Kämpferinnen trainiert, die spezielle Waffen und Rüstungen tragen können. Einem Versprechen folgend, schreibt sich Kazuya Aoi auf der Akademie ein, nachdem seine Schwester, eine Absolventin von Genetics, im Kampf gestorben ist. Auf der Schule trifft er auf Satellizer L. Bridgette, die aufgrund ihres Einzelgängertums, gepaart mit überragenden Leistungen, den Spitznamen "Die unberührbare Königin" trägt. Niemand hat sie je in der Kampfsimulation geschlagen, bis Kazuya erscheint und sie sich dadurch langsam verändert.