Major (Scarlett Johansson) ist ein einzigartiger Hybrid aus Mensch und Cyborg und Anführerin des Elitekommandos Sektion 9. Bei ihrem Kampf gegen die gefährlichsten Kriminellen und Extremisten der Zukunft trifft die Sektion 9 auf einen neuen Gegner, dessen erklärtes Ziel die komplette Zerstörung der Cyber-Technologien von Hanka Robotic ist.