Amerika befindet sich im Jahre 1963 im Kalten Krieg: Die einsame Elisa (Sally Hawkins) entdeckt gemeinsam mit ihrer Kollegin Zelda (Ocatavia Spencer) in einem geheimen Regierungslabor in einer Art Tank einen Amphibienmenschen (Doug Jones). Elisa und das fremdartige Geschöpf, Giles, nähern sich mit der Zeit an, sodass Elisa beschließt mit ihrem Nachbarn (Richard Jenkins) dem Wassermann zur Flucht zu verhelfen. Diese verläuft gut für sie, doch plötzlich ist der Gruppe das Militär auf den Fersen. Es beginnen turbulente Zeiten für das ungleiche Paar.