Japan, Ende des 21. Jahrhunderts: Die Gesellschaft ist gespalten. Die Menschen der Unterschicht leben in Slums und leiden unter den Folgen der grassierenden Umweltverschmutzung. Hinter den Kulissen zieht ein großes Unternehmen die Fäden. Cutie Honey, ein weiblicher Android mit menschlichen Gefühlen und Superkräften, schließt sich dem Journalisten Hayami und seiner kleinen Widerstandsgruppe an. Gemeinsam versuchen sie, den Ausstoß einer tödlichen Giftgaswolke zu verhindern. Das kann nur gelingen, indem sie die mächtige Androidin Jiru stoppen, die an der Spitze der zwielichtigen Firma steht.