Willy, der Wal, ist zurück – diesmal bedroht von illegalen Walfängern, die mit Sushi ihr Geld verdienen. Jesse, mittlerweile 16, hat sich einen Job auf einem Orca-Forschungsschiff gesichert, zusammen mit seinem alten Kumpel Randolph und dem sarkastischen Wissenschaftler Drew. Auf dem Walfangschiff sind Kapitän John Wesley und sein Sohn Max, der von dem Job seines Vaters nicht wirklich begeistert ist, aber nicht den Mut hat, das zu sagen. Unterwegs trifft Willy wieder auf Jesse.