Um die Jahrhundertwende kehrten die Engel auf die Erde zurück, um die Menschheit in einer apokalyptischen Wut auszulöschen. Die letzten Überreste der Menschheit zogen sich in den Untergrund zurück, um auf den Tag zu warten, an dem die Engel zurückkehren würden, um ihre Arbeit zu beenden. Fünfzehn Jahre später ist dieser Tag gekommen... aber dieses Mal ist die Menschheit bereit, mit furchterregenden biomechanischen Waffen, den Evangelions, zurückzuschlagen. Erlebe, wie Shinji, Rei, Asuka und der Rest der mysteriösen Schattenagentur Nerv kämpfen, um die Erde vor der totalen Vernichtung zu retten.