Nach einem hinterhältigen Anschlag einer gut vorbereiteten Organisation sterben viele Mitglieder der G.I. Joe Einheit. Eigentlich war das ziel die komplette Eliminierung der Truppe, aber einige wenige konnten überleben. Unter ihnen befindet sich Captain Duke Hauser, welcher diesen Schlag natürlich nicht auf sich sitzen lassen kann. Zusammen mit Lady Jaye und dem ehemaligen Gründungsmitglied General Joe Colton geht er der Sache auf den Grund…