Erst vor kurzem haben die über-dimensionalen, mutierten Schildkröten Leonardo, Donatello, Raphael und Michelangelo New York zusammen mit der Journalistin April O’Neil (Megan Fox) gerettet, schon droht ihnen in Teenage Mutant Ninja Turtles 2 der nächste Bösewicht damit ihre Heimat zu zerstören. Allerdings schlägt sich dieses Mal nicht nur der Kameramann Vernon Fenwick (Will Arnett) auf die Seite der jungen Reporterin, sondern auch Rächer Casey Jones (Stephen Amell).