Die zwölfjährige Waise Lyra (Daphne Keen) wächst mit ihrem einzigen Verwandten Onkel Lord Asriel (James McAvoy) im Jordan College in Oxford auf. Dieser untersucht einen ebenso geheimnisvollen wie gefährlichen Staub, der ausschließlich Erwachsene zu befallen scheint. Mit seinem eigensinnigen Forschungsdrang lehnt er sich gegen das mächtige Magisterium auf, das eine starke Kontrolle über die Gesellschaft ausübt und an einer rationalen Erklärung der Welt kein Interesse hat. Asriel begibt sich auf eine Forschungsreise in den Norden und lässt Lyra zurück. Da taucht plötzlich die geheimnisvolle Marisa Coulter (Ruth Wilson) auf und bietet Lyra an, sie ihrerseits als Teil einer Expedition in den Norden mitzunehmen. Es beginnt eine kosmische und spannende Reise, insbesondere als Lyra entdeckt, dass Coulter in das rätselhafte Verschwinden von Kindern verwickelt ist.