Im Auftrag von Weyland Industries, vertreten durch Meredith Vickers (Charlize Theron), macht sich eine Forschergruppe und der Androide David (Michael Fassbender) auf eine Reise nach den Ursprüngen menschlichen Lebens. Angeführt wird die Gruppe von den Forschern Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) und Charlie Holloway (Logan Marshall-Green), die davon überzeugt sind, dass die mysteriösen Zeichen, die sie weltweit entdeckt haben, sie zu wertvollen Antworten über den Beginn der Menschheit führen. Die zweijährige Expedition führt die Passagiere der "Prometheus" schließlich zu den dunkelsten Ecken des Universums, wo sie Schlimmes erwartet….