Johnny Cage kehrt zurück! Auf die Helden wartet ein gnadenloser, blutiger Kampf, der alles Bisherige in den Schatten stellt. Das Ziel: die Schreckensherrschaft von Shao Khan zu beenden. Doch der Einsatz könnte nicht höher sein, denn es geht um das Überleben von Earthrealm – und das Schicksal seiner letzten Verteidiger.
Die Handlung setzt unmittelbar nach den Ereignissen des Vorgängers an: Shang Tsung ist geschlagen, doch die Bedrohung für das Erdenreich ist größer denn je. Lord Raiden schickt deshalb seine Krieger aus, um neue Champions zu rekrutieren. Im Zentrum steht dabei der (einstige) Hollywood-Star Johnny Cage, der eher unfreiwillig in das blutige Turnier stolpert. Gemeinsam mit Cole Young, Jax Briggs, Sonya Blade und Liu Kang reist er in die Außenwelt (Outworld), um sich dem grausamen Imperator Shao Kahn und dessen Armee entgegenzustellen.